지난해 5월, 국방부의 전문연구 요원(이하 전문연) 정원 감축 계획안이 보도되었다. 이와 관련해 박오옥 교학부총장은 병무청이 우리 학교에 할당된 전문연 정원을 조정하기로 했다는 점을 확인했다.
  박 부총장은 지난해 전문연 정원감축이 공론화된 이래로 관련정부 부처에서 논의를 계속하고 있다고 밝혔다. 전문연의 배정 인원 2,500명 중 이공계 박사과정 인원은 1,000명이며, 이중 우리 학교를 포함한 4개 과학기술특성화대학(이하 과기특성화대학)에 400명이 배정되어 있는 상태다. 2015년 9월 UNIST가 과기특성화대학으로 전환되었고, 다른 과기특성화대학들의 편입대상인원도 매년 큰 폭으로 증가해 2016년 전체 과기특성화대학의 편입대상 인원이 400명을 초과하게 되자, 병무청은 각대학의 배정인원을 조정하기로 했다.
  우리 학교는 2015년도에 총 309명이 편입 신청을 했고 315명에 해당하는 인원이 배정되었다. 이는 전반기와 후반기에 모두 인원을 배정받았기 때문에 가능했다. 그러나 2016년도에 국방부는 2016년 전반기에 배정된 265명으로 배정 인원을 확정하고, 후반기에 인원을 전혀 배정하지 않았다. 편입을 희망하는 인원은 343명이었음에도 78명분이 모자랐던 것이다. 박 부총장은 “편입 대기자 신청 후 1년뒤에 실제편입이 되기 때문에, 편입대기를 나중에 신청하는 방식으로 해결했다”며 “실제 편입이 불가능해진 경우는 아직까지는 없었다”고 밝혔다. 올해도 국방부는 전반기에 265명분의 인원을 우리 학교에 배정했다.
이는 전문연의 배정 인원과 수요에 차이가 난다는 점을 보여준다. 이에 대해 박 부총장은 “수요요청에 맞춰 과기특성화대학 배정 인원을 탄력적으로 운용해줄 것을 정부에 요청하고 있다”고 밝혔다. 이어 학교에서 학생 대표를 포함한 전문연제도개선위원회를 가동해 우선선발 순위와 편입시기를 조절하는 방안을 검토하고 있다고 덧붙였다.
  전문연 배정 인원 변동이 가시화되면서 전문연 편입을 생각하고 있던 학생들에게 상당한 타격이 가는 것은 불가피해보인다.이에 대해 박 부총장은 “산업기능요원 등 다양한 경로의 병역 해결 방법을 학생들에게 적극적으로 안내함으로써 학생들을 도울 것이다”라고 전했다.