국방부가 작년 5월에 전문연구요원 제도를 점진적으로 폐지하겠다고 발표한 이후, 각계에서 다양한 비판의 목소리를 내어 왔고, 특히 전국 이공계 학생 전문연구요원 특별대책위원회(이하 특대위)를 중심으로 전문연구요원 제도 폐지 계획 철회를 여러 방식으로 촉구해 왔다. 지난 4월 25일에는 우리학교에서 대덕넷 주최로 열린 ‘대선캠프와의 과학정책 대화’의 자리에서 전문연구요원 제도에 대한 질문과 답변이 오가면서 정당별로 기존 제도의 유지 및 개선 또는 확대 입장을 확인하였다.
1년이 넘도록 논란을 겪으면서, 당장 내년의 대학원 입시에서 전문연구요원에 어떤 방침이 적용될지 알 수 없었던 학생들의 불안감은 이루 말할 수 없이 큰 것이었다. 또한, 제도 폐지를 반대하는 운동을 벌이는 이공계 학생들의 입장을 집단 이기주의로 바라보는 사회의 시각이 편하지만은 않았다.
우리나라에서는 국민개병제의 원칙하에 병역이 징병검사의 판정을 기준으로 이루어지지만, 다양한 방식의 대체복무 형태도 존재한다. 징병검사 등급에 따른 사회복무요원 제도가 있고, 의학과 수의학 분야에서는 공중보건의 또는 공중방역의, 예술과 체육 분야에서는 수상이나 메달 획득에 의한 예술체육요원, 이공계 분야에서는 전문연구요원이라는 대체복무 형태가 있다. 즉, 전문연구요원 제도는 다양한 대체복무의 형태 중 하나이지, 병역을 피할 수 있게끔 하는 특권이 아니다. 물론, 이 제도의 취지가 이공계 지원과 활성화이기는 하지만, 그것을 위해 병역을 피하게 한다는 의미는 아니라는 점을 잊지 말아야 할 것이다.
이 제도를 흔히 특례라고 일컫기 때문에, 특례라는 말로 인해 불필요한 오해가 생기는 것으로 보인다. 이 용어가 병역 이행에 대한 특례라는 용법으로 사용된 것은 병역특례규제법(1973) 때문인데, 당시의 한국과학원생이 병역특례 대상으로 구체적으로 명시되어 있던 이 법률은 1993년에 폐지되었다. 현행 병역법에서 특례는 전시 또는 동원령이 선포된 상태에서 내려지는 조치, 즉 전시특례만을 의미한다. 이러한 점을 감안한다면, 병역특례라는 말은 이미 오래전에 법적, 행정적인 근거를 상실했다고 판단되며, 현행 병역법이 이미 대체복무제를 특례나 특권으로 다루고 있지 않다는 의미가 된다.
다시 강조하건대, 전문연구요원 제도는 이공계의 특권이 아니라 엄연히 법적으로 명시되어 시행되고 있는 병역 대체복무제도의 한 형태이다.
총을 들고 복무하는 것만이 병역 이행이라고 생각하는 일부 편향된 시각은 시대착오적인 것이다. 양심적 병역거부에 대하여 항소심에서도 무죄가 선고되는 시대에, 대체복무제도는 더욱 다양한 형태로 확대되어야 할 제도이지 그 규모를 줄이거나 없애는 것은 이제 더 이상 대안이 될 수 없다. 특히, 작년 11월 이후로 국회 국방위원회에 계류 중인 병역법 개정안이 통과된다면, 국방부와 병무청이 독단적으로 국방인력 운영을 결정하지 않고 관련 부처 및 민간전문가의 폭넓은 참여를 통해 대체복무 제도가 더욱 다양한 방식으로 확대되어 추진될 수 있을 것이라고 기대해 본다.

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