출연연 기술료 인센티브, 과세 대상서 제외
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출연연 기술료 인센티브, 과세 대상서 제외
  • 김동관 기자
  • 승인 2015.05.20 20:04
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정부출연연구기관(이하 출연연)의 기술료 인센티브는 과세 대상이 아니라는 대법원의 판결이 내려졌다. 이로써 2011년 대전지방국세청이 2006년부터 2010년까지의 기술료 인센티브를 추징하면서 시작한 ‘기술료 인센티브 과세 여부’ 소송이 매듭지어졌다.

출연연이 기술이전을 함으로써 얻게 되는 수익 일부는 기술 개발에 참여한 연구원에게 인센티브로 주어진다. 소득세법이 개정된 1979년 이후 직무발명 보상금은 비과세 대상에 포함되었다. 그런데 비과세 대상인 직무발명 보상금 기준이 명확하게 규정되어 있지 않아 이에 대한 담당 세무서의 해석이 달랐다. 따라서 기술료 인센티브는 일부 기관에 한해서만 세금이 물려졌다.

2011년 감사원은 과세 대상의 형평성을 지적하면서, 국세청에 2006년부터 5년에 해당하는 기술료 인센티브에 대한 미납 소득세와 과징금의 추징을 명령했다. 기술료 인센티브는 비과세 대상인 직무발명 보상금에 포함되지 않고 근로 소득에 해당해 소득세를 부과해야 한다는 주장이었다. 당시 한국전자통신연구원(ETRI), 한국생명공학연구원(KRIBB) 등 12개 출연연에 부과된 세금은 1,151억 원이었다. 게다가 출연연의 기술료 인센티브는 30%의 소득세를 적용했지만, 대학의 경우 4%의 기타소득세를 부과해 ‘고무줄 규정’이라는 논란이 일기도 했다.

이에 불복한 ETRI 등 3개 기관은 조세심판원에 심판을 청구했고 이것이 기각되자 2012년 징수처분 취소 소송을 제기했다. 2014년 1심과 2심 모두 원고의 손을 들어주었으며 이번 대법원도 원고 승소 판결을 내렸다. 출연연 연구원의 기술료 인센티브는 직무발명의 결과라는 주장에 손을 들어준 것이다.

이번 대법원의 판결로 출연연은 납부한 세금을 돌려받을 수 있게 되었다. 다만 2011년 이전에 낸 세금은 시효가 만료되어 환급이 어려울 것으로 보인다. 나머지 9개 기관 또한 추징금을 돌려받을 수 있다. 


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