가장 이슈가 되었던 것은 등록금 문제였다. 논란의 중심에 있었던 ‘차등 수업료 부과 제도’는 결국 5년 만에 폐지되었다. 학점이 2.0 이상인 학우들에게는 수업료 전면면제를, 3.0 이상인 학우들에는 기성회비까지 면제하는 방안으로 대체했다. 또한, 기존에는 수업료 전액을 내야했던 연차초과자는 국공립대 수준인 320만 원 정도의 등록금을 내고 다닐 수 있게 되었다.

기존의 학사제도에도 여러 정책에 대해 의견이 분분했고, 결과적으로 많은 변화도 있었다. 일단, 신입생 디자인 과목 FDC가 기초필수과목에서 기초선택과목으로 변경되었다. 자연과학대학을 비롯한 몇몇 학과의 특성상 꼭 필요하지 않다는 의견이 많았으며, 교수 대상 투표에서 FDC를 기초필수과목으로 하는데 단 5%만이 찬성하는데 그쳐 변경에 근거를 제시했다.

재수강 제도와 계절학기 관련 제도에도 많은 논란이 있었다. 하지만 제도적인 변화를 이끌어내지는 못했다. 재수강의 경우에는 ▲취득학점 B+ 이하 ▲졸업 시까지 3회이하 ▲학점 당 재수강료 7만 5천원 등의 규제가 있었고 개선 없이 현재까지도 유지되고 있다. 계절학기 또한 아직 확실한 개선책은 없는 실정이다.

학사제도에서 가장 논란이 되었던 것은 ‘영어강의’ 문제였다. 2007년도부터 점진적으로 시행된 영어강의는 결국 인문사회과학부의 일부 강의 등을 제외한 전면 영어강의로 이어졌다. 이는 학우뿐만 아니라 교수에게도 많은 부담을 안겼고, 수업의 질을 떨어뜨린다는 비판적인 의견이 꾸준히 제기되었다. 특히, 교양과목의 경우 전체 과목 수도 적은데다 한국어강의는 더욱 적었고, 교양과목 최소이수요건 21학점 중 18학점 이상을 영어강의로 수강해야 한다는 영어이수요건까지 있었다.

혁신위는 최종보고서에 “모든 과목을 순수하게 영어로만 강의하기에는 부적절할 수 있어 교양과목을 활성화하는 등 일부 보완책이 필요한 실정이다”라며 최소이수요건의 폐지를 요구했다. 교과과정심의위원회는 이 의견을 받아들여 이수요건을 폐지해 11학번 학우부터는 교양과목을 영어강의 이수조건에 구애받지 않고 한국어로 자유롭게 들을 수 있게 되었다.

혁신위의 활발한 활동으로 정책적인 변화를 많이 이끌어냈지만 당시에 많이 지적되었던 것 중 하나는 “학교당국으로부터 학생의 목소리를 듣고자 하는 의지를 느낄 수 없다”라는 것이었다. 학생사회에서는 학생들에게도 학교구성원으로서 동등하게 이야기할 수 있는 권한을 요구했다. 총장이 대부분의 권한을 가지는 이사 추천 및 선임 절차 등을 비롯해 우리 학교의 의결구조 등이 독점적인 체제로 되어있었고, 이에 학생 측과 혁신위에서는 이 부분에서 민주적인 변화를 요구했다. 결과적으로 등록금심의위원회를 비롯한 위원회 위원으로는 참여하게 되었으나, 대학평의회 참여나 이사회 선임권 등은 보장이 되지 않은 한계를 드러냈다.